مبانی توالی و ویژگی‌ها›درس 1 از 97

معرفی و آبجکت Seq

اولین قدم در پردازش توالی‌های ژنتیکی و ساختمان DNA

6 دقیقه

کتابخانه Biopython مجموعه‌ای از ابزارهای بسیار قدرتمند برای محاسبات زیستی و بیوانفورماتیک در پایتون است. هسته اصلی این کتابخانه، کلاس Seq است. از ورژن 1.79 به بعد، این کلاس کاملاً شبیه به رشته‌های (Strings) معمولی پایتون عمل کرده (مانند پشتیبانی از متد‌های startswith و endswith و find) اما متدهای بیولوژیکی ویژه‌ای را در دل خود جای داده است.

ساخت یک توالی DNA در پایتون

from Bio.Seq import Seq

my_seq = Seq("AGTACACTGGT")
print(my_seq)

`seq.complement()`	محاسبه توالی مکمل (Complement) رشته DNA به صورت آنی (A با T، و C با G).
`seq.reverse_complement()`	محاسبه دقیق توالی مکمل معکوس (توالی از انتها به ابتدا جهت حفظ جهت ۵ پریم به ۳ پریم در زیست‌شناسی).
`seq.find() / seq.count()`	پیدا کردن جایگاه یک زیرتوالی یا شمارش بازهای خاص با سرعت بسیار بالاتر از حلقه‌های معمولی پایتون.
`seq.upper() / lower()`	تغییر استاندارد حروف بزرگ و کوچک که در داده‌های خام برای نشان دادن مناطق تکرارپذیر یا بی‌اهمیت (Soft-masking) کاربرد دارد.

هنوز اجرا نشده

دکمه‌ی «اجرا» را بزن تا نتیجه را اینجا ببینی.

خروجی مورد انتظار

توالی اصلی DNA:
AGTTAC

توالی مکمل:
TCAATG

مکمل معکوس:
GTAACT

تعداد پایه‌ی Adenine در رشته ژنتیکی: 2
سه نوکلئوتید اول (کدونِ آغازی): AGT
آیا کُدون آغازین آن ATG است؟ False
محتوای GC توالی: 33.33%